內(nèi)切酶是一類能夠識別并切割特定脫氧核苷酸序列的酶，不同類型的內(nèi)切酶在切割機(jī)制上存在差異。以下將詳細(xì)介紹不同類型內(nèi)切酶的切割機(jī)制差異。

一、限制性內(nèi)切酶

限制性內(nèi)切酶主要分為三種類型：Type Ⅰ、Type Ⅱ 及 Type Ⅲ。

Type Ⅰ 限制性內(nèi)切酶：既能催化宿主 DNA 的甲基化，又催化非甲基化的 DNA 的水解。其切割機(jī)制較為復(fù)雜，通常需要多個亞基協(xié)同作用，識別特定的 DNA 序列后，在遠(yuǎn)離識別位點(diǎn)的地方進(jìn)行切割。

Type Ⅱ 限制性內(nèi)切酶：只催化非甲基化的 DNA 的水解。Type Ⅱ 限制性內(nèi)切酶所識別的位置多為短的回文序列，所剪切的堿基序列通常即為所識別的序列。這類內(nèi)切酶在基因工程上實(shí)用性較高，如 EcoRⅠ、HindⅢ 等。其切割機(jī)制相對簡單，通常由單一的蛋白質(zhì)亞基組成，識別特定的 DNA 序列后，在識別位點(diǎn)處進(jìn)行切割。

Type Ⅲ 限制性內(nèi)切酶：同時具有修飾及認(rèn)知切割的作用。其切割機(jī)制與 Type Ⅰ 和 Type Ⅱ 有所不同，通常需要多個亞基協(xié)同作用，識別特定的 DNA 序列后，在識別位點(diǎn)下游一定距離處進(jìn)行切割。

二、歸巢內(nèi)切核酸酶

LAGLIDADG 歸巢內(nèi)切核酸酶：是可用于基因組編輯應(yīng)用的位點(diǎn)特異性移動核酸內(nèi)切酶。其切割機(jī)制涉及對 DNA 形狀和柔韌性的間接讀出，特別是在發(fā)生切割的中心 4 個堿基處。通過功能選擇和深度測序分析發(fā)現(xiàn)，野生型活性位點(diǎn)并非對所有底物都是最佳的，新的活性位點(diǎn)殘基組合可以支持在野生型酶難以裂解的底物上的活性。例如，兩個金屬結(jié)合殘基中 E 或 D 取代的組合極大地影響了切割活性，而 E184D 變體具有更寬的切割特性。對 I-LtrI E184D 和與非同源 AACC 中樞 4 序列共結(jié)晶的野生型蛋白質(zhì)的分析顯示，結(jié)構(gòu)差異與切割單個 DNA 鏈的動力學(xué)常數(shù)相關(guān)。

其他歸巢內(nèi)切核酸酶：許多微生物的基因組中含有編碼罕見切割歸巢內(nèi)切核酸酶的遺傳元件，這些內(nèi)切酶有助于編碼它們的元件（如自剪接的 I 組和 II 組內(nèi)含子以及在某些情況下的內(nèi)含肽）的移動。歸巢內(nèi)切核酸酶有幾個不同的家族，它們啟動和靶向特定序列進(jìn)行橫向轉(zhuǎn)移的能力使其成為有吸引力的基因靶向試劑。歸巢內(nèi)切核酸酶已被應(yīng)用于促進(jìn) DNA 修飾或基因組編輯，如基因修復(fù)或 “基因敲除"。對歸巢內(nèi)切核酸酶的工程改造策略也在不斷發(fā)展，以改變其靶位點(diǎn)特異性。

三、限制性核酸內(nèi)切酶 CglI

   來自谷氨酸棒狀桿菌的限制性核酸內(nèi)切酶 CglI 識別不對稱的 5'-GCCGC-3' 位點(diǎn)，并在依賴于 NTP 水解的反應(yīng)中切割頂部和底部 DNA 鏈下游的 DNA 7 和 6/7 核苷酸。CglI 由兩種不同的蛋白質(zhì)組成：核酸內(nèi)切酶（R.CglI）和 DEAD 家族的解旋酶樣 ATPase（H.CglI）。這些亞基與化學(xué)計(jì)量比為 R2H2 形成異四聚體復(fù)合物。然而，R2H2?CglI 復(fù)合物僅具有一個足以切割一條 DNA 鏈的核酸酶活性位點(diǎn)，這表明引入雙鏈斷裂需要兩個復(fù)合物。CglI 不需要在同一 DNA 上的兩個位點(diǎn)即可獲得最佳催化活性，但單點(diǎn)線性 DNA 的底物較差，支持了一種機(jī)制，其中 CglI 復(fù)合物必須在激活切割之前沿一維 DNA 輪廓連通。CglI 水解三磷酸腺苷（ATP）會優(yōu)先在 DNA 上從靶標(biāo)的下游方向產(chǎn)生易位，盡管上游易位也是可能的。這種作用機(jī)制與其他 ATP 依賴性限制性修飾酶不同。

四、HigB 毒素切割核酸內(nèi)切酶

   HigB 毒素是一種與核糖體結(jié)合的核糖體依賴性毒素，其切割核酸內(nèi)切酶的機(jī)制如下：解決了綁定到核糖體的野生型，核糖體依賴性毒素 HigB 的 X 射線晶體結(jié)構(gòu)，揭示了 mRNA 底物附近的潛在催化殘基。使用基于細(xì)胞和生化分析，確定 HigB 殘基 His54，Asp90，Tyr91 和 His92 對于體內(nèi)活性較重要，而 HigB H54A 和 Y91A 變體對體外 mRNA 切割的影響大。比較具有 70S-HigB 結(jié)合結(jié)構(gòu)的兩個催化惰性 HigB 變體的 X 射線晶體結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn) HigB 活性位點(diǎn)殘基可能經(jīng)歷構(gòu)象重排，可能需要識別其 mRNA 底物。

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